No necesita convertir nada a ES6, es ES6 perfectamente válido, simplemente no usa ninguna característica nueva que se introdujo en ES6 según mi conocimiento. Podrías usar la desestructuración si realmente quisieras:

 const { env: config } = require(__dirname + "/../config/config.json");

Pero ES6 no es un nuevo lenguaje elegante, solo tiene algunas características nuevas que puede usar si las necesita.