tienes puesta una propiedad:

background: linear-gradient(90deg, #72C6EF 0%, #004E8F 100%); 
//Esta propiedad lo que hace es hacer ese degrade azul que vez.

En su lugar, deberias remplazar el color del bakcground de tu header con el color de tu logo en este caso blanco.

HTML

<header>
    <nav class="navbar navbar-light bg-light">
        <div class="container">
          <a class="navbar-brand" href="#">
            <img src="./img/Logo.png" height="100"/>
          </a>
        </div>
      </nav>
</header>

CSS

*{
    box-sizing: border-box;
    margin: 0;
    padding: 0;
    background: #ffffff;
}

header{
    display: flex;
    justify-content: space-between;
    align-items: center;
    padding: 10px 10%;
    background: #ffffff;
}

Con esto el fondo de tu header tendria que ser blanco(De el color de tu logo). Aunque no es lo mas optimo, te recomiendo hacer tu logo .png para que no tengas que colocar el fondo del header del mismo color del fondo de tu logo.