Native Stack utiliza los sistemas de navegación nativos de Android e IOS para navegar entre páginas.

Navegador de pila nativo https://reactnavigation.org/docs/native-stack-navigator/

Navegador de pila https://reactnavigation.org/docs/stack-navigator/

El otro realmente no "navega", sino que imitará la navegación en HTML/JavaScript (SPA esencialmente). Dicen que tratan de hacer que se sienta como la navegación nativa, pero puede que no sea exactamente igual o no tenga el mismo rendimiento. Sin embargo, será significativamente más personalizable. Puede personalizar sus transiciones entre páginas. Con el enfoque nativo, será inviable o imposible personalizar muchas cosas. Lo que puede personalizar, deberá hacerlo una vez para cada sistema operativo (Android, IOS), a menos que la biblioteca de navegación proporcione una forma de personalizar lo que desea y se ocupe de las diferencias de los sistemas operativos.

Generalmente, cuando la gente quiere hacer aplicaciones multiplataforma. Siempre que sea sensato, tienden a gravitar hacia soluciones basadas en javascript. Usar enfoques nativos solo cuando sea absolutamente necesario. Es fantástico que React Native te brinde la posibilidad de acceder a las API nativas. Pero el uso de enfoques nativos lo obliga a usar también un teléfono físico (o emulador) para probar esas funciones (correctamente). Mientras que todo lo que está basado en la web puede probarlo fácilmente en su navegador, que tiende a ser mucho más rápido para la velocidad de desarrollo.