Quiero ejecutar un comando cmd pero en el lado del cliente no en el lado del servidor, ¿puedo hacerlo con JavaScript, por ejemplo, en Chrome?
Hay una buena razón por la que esto no está permitido y es la seguridad. Imagina esas cosas horribles que alguien puede hacer si tuviera acceso a tu terminal. Si te refieres al servidor, busca un programa como nodejs para el código js del lado del servidor.