Debe obtener todos sus datos de la base de datos a la vez:
¿Qué hay de hacer esto:
SELECT menuChapters.id, menuUnits.id FROM menuChapters INNER JOIN menuUnits ON (menuChapters.id = menuUnits.chapter_id) WHERE menuChapters.class=$get_class AND menuChapters.course=$get_course AND menuChapters.visibility=1 ORDER BY menuChapters.chapterOrder ASC, menuUnits.unitsOrder ASC
Esto debería darle una lista donde tiene la identificación de su capítulo y la identificación de su unidad para cada fila.
No probé el código, por lo que podría tener algunos problemas.